宫颈囊肿有可能自动消失，如一些生理性变化或者轻微炎症刺激导致的，但对于一些疾病或者损伤导致的，通常不会自动消失。
- 部分宫颈囊肿属于生理性变化。宫颈在其生理过程中，如鳞状上皮化生时，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致分泌物潴留形成囊肿。随着宫颈局部生理状况的进一步发展与自我调整，腺管口有可能重新开放，潴留的液体得以排出，囊肿便会自行消失。此外，一些较小的、因轻微炎症刺激引起的宫颈囊肿，当身体自身的免疫防御机制发挥作用，炎症消退后，囊肿也可能随之消失。
- 若宫颈囊肿是由于慢性宫颈炎、宫颈损伤等病理因素长期作用所致，则通常难以自动消失。慢性宫颈炎会使宫颈组织反复发生炎症反应，导致宫颈腺管周围组织增生、纤维化，这种病理改变使得腺管口阻塞情况持续存在且难以逆转。其次由多次人工流产、分娩损伤宫颈后引发的慢性宫颈炎，所形成的宫颈囊肿一般也不会自行消除。而且，当宫颈囊肿合并感染时，囊肿内会形成脓液，进一步加重局部的病理状态，更不可能自行好转。
对于发现宫颈囊肿的女性，建议首先进行全面的妇科检查，包括宫颈涂片、HPV检测等，以明确囊肿的性质。如果是较小的、且无任何症状，可以先采取观察等待的策略，定期复查妇科超声，监测囊肿的大小、形态及数量变化。若囊肿较大、数量较多或者伴有白带异常、接触性出血等症状，或者经检查确定为病理性囊肿，则需在医生的指导下进行相应的治疗。