柴胡和小柴胡在功效、适应症、禁忌和不良反应方面均有一定的区别。
1、功效
在功效方面，柴胡有疏散退热、疏肝解郁等功效。小柴胡有和解少阳、疏肝和胃、升阳举陷等功效。
2、适应症
柴胡适用于治疗外感风寒所致的畏寒、发热、无汗、头痛、鼻塞、打喷嚏、流鼻涕、咽痒咳嗽、四肢酸痛等症状；还可用于治疗肝失疏泄，气机郁阻所导致的胸闷或者少腹胀痛、情志抑郁、妇女月经失调、痛经等；也可治疗中气不足，气虚下陷所导致的脘腹重坠作胀，食少倦怠，久泄脱肛，子宫下垂，肾脏下垂等脏器脱垂病症。小柴胡则适用于治疗发热感冒、胸胁胀满、食欲不振、心烦呕吐、口苦咽干、视力模糊、伤寒疟疾、黄疸等。
3、禁忌
肝阳上亢、肝风内动、阴虚火旺、气机上逆者及胃寒者不宜服用柴胡。而风寒感冒者不宜服用小柴胡。
4、不良反应
柴胡无毒，在常规剂量内服用一般不会出现不良反应，长期服用、适量用一般也无明显副作用，但若服用剂量大，则可能会引起食欲减退、腹胀、倦怠等症状发生。部分患者服用小柴胡后可能出现胃痛不适、恶心、呕吐及腹泻等不良反应。