抗生素相关性肠炎的治疗难度因人而异，取决于病情严重程度及是否及时停用致病抗生素。
轻症患者停用致病抗生素后，肠道菌群可逐渐恢复正常，一般预后较好，此时并不难治愈。重症患者可能存在多重耐药菌感染或并发症，治疗难度增加，需要调整治疗方案，必要时联合使用针对艰难梭菌的抗生素，如万古霉素或甲硝唑。
在某些情况下，如果患者的免疫状态受损或者存在长期使用广谱抗生素的历史，可能导致抗生素相关性肠炎的治疗较为困难。
因此，在诊断为抗生素相关性肠炎后，应立即停止可能引起腹泻的抗生素，并寻求医生帮助评估是否需要调整药物治疗方案。
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