怀孕40天有黑褐色的流出来而且腰酸背痛可能是先兆流产、宫外孕、阴道炎等原因导致的，需要根据不同原因采取相应处理。
1、先兆流产
如果怀孕40天时受到外力撞击或者胚胎发育不良，就会导致子宫收缩，从而引发先兆流产，出现阴道出血、腹痛等症状，血液在阴道内氧化就会形成黑褐色。患者需要及时就医进行保胎治疗，可以遵医嘱服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物。期间还要做好保暖工作，避免受凉。
2、宫外孕
如果受精卵没有着床在子宫内，而是着床在子宫外侧，则会引发宫外孕。在早期会出现腹痛、阴道出血等症状，血液在阴道内氧化就会形成黑褐色。一旦确诊，需要立即遵医嘱进行手术治疗，比如输卵管切除术、输卵管开窗术等。术后还要遵医嘱做好护理工作，避免引发感染。
3、阴道炎
如果怀孕期间个人卫生不注意，容易受到病菌侵袭，诱发阴道炎。期间会导致阴道黏膜受损，导致阴道出血，血液在阴道内氧化就会形成黑褐色。一旦确诊，需要遵医嘱使用药物治疗，比如甲硝唑栓剂、克霉唑栓剂等。期间还要勤换内裤，用温水清洗外阴。
除此之外，还可能与宫颈炎、盆腔炎等其他疾病有关。建议患者及时就医进行检查，明确判断后对应处理。
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