小儿原发性脑干损伤的治疗效果因人而异，通常取决于损伤程度。
轻度脑干损伤可能只涉及局部区域，未引起广泛的功能障碍，此时通过及时的神经外科干预，如去骨瓣减压术，可以减少神经细胞的进一步损害，提高治愈率。重度脑干损伤可能导致广泛的神经功能障碍，甚至可能伴随颅内高压，此时治疗难度较大，预后较差。
小儿原发性脑干损伤还应考虑是否存在继发性病变，如水肿或血肿，这可能影响治疗反应和预后。
在治疗小儿原发性脑干损伤时，需密切监测病情变化，避免使用可能加重脑干水肿的药物，并注意预防并发症的发生，如肺部感染、深静脉血栓等。
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