土霉素属于四环素类抗生素，对革兰氏阳性菌、阴性菌都有抗菌作用。在临床应用中发现其药效差、耐药率高且不良反应大，因此逐渐被其他药物替代而被淘汰。
1.药效差：随着临床医学的发展，现在有很多高效、速效、强毒性的抗生素出现，如头孢菌素、青霉素等，这些抗生素比土霉素的作用更强，而且副作用更小，所以人们会舍弃土霉素这类抗菌作用弱的药物。
2.耐药率高：由于土霉素及其他四环素类药物广泛使用，导致很多病原微生物出现了对抗生素的抵抗能力，即产生了耐药现象。尤其是人类免疫缺陷病毒（HIV）感染患者长期服用土霉素治疗时，会导致耐药的发生，并且这种耐药情况具有一定的交叉耐药性，比如同时应用其他四环素类药物也会产生抗药性。
3.不良反应大：土霉素常见的不良反应为消化系统症状，如恶心、呕吐、上腹不适或疼痛等，偶见胰腺炎及假膜性结肠炎报道，还有少数病人可发生蛋白尿、结晶尿，亦可有贫血、白细胞减少、一过性肝功能异常。另外，土霉素还可致口周皮炎，表现为唇、口腔黏膜溃疡、口干、舌痛、灼热感等，部分病人停药后上述症状可自行消失。
此外，土霉素与其他药物相互作用较多，若联合用药可能会降低疗效或者增加毒性，故不建议与氯霉素同用。此外，土霉素与齐多夫定、拉米夫定、阿昔洛韦、更昔洛韦等核苷类似物合用，可能抑制后者代谢，使血清浓度增高，从而延长其半衰期，增加毒性反应。
综上所述，虽然土霉素在以前的应用比较广泛，但是因为以上种种弊端，现在已经很少用于临床，仅作为特殊情况下治疗某些顽固性疾病的选择之一。
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