孕40天B超看不到孕囊可能是怀孕时间比较短、宫外孕等原因引起的，也可能是生化妊娠导致的，需要根据具体的情况来处理。
1、怀孕时间比较短
如果怀孕时间比较短，此时孕囊还没有发育出来，所以在进行B超检查的时候，可能无法在子宫内发现孕囊。这属于正常的生理现象，一般不需要过多担心，也不用进行特殊的治疗。建议女性过一段时间后再进行检查，此时可以发现孕囊。
2、宫外孕
宫外孕是指受精卵没有着床在子宫内，而是着床在子宫外侧。如果怀孕40天时受精卵着床在子宫外侧，此时进行B超检查也无法在子宫内发现孕囊。建议女性在怀孕40天时进行B超检查，如果发现孕囊，则可以确诊为宫外孕。女性需要立即在医生的指导下通过手术终止妊娠，以免对身体造成严重的损伤。
3、生化妊娠
生化妊娠是指受精卵没有着床就发生了流产现象，可能与染色体异常有关，也可能是女性黄体功能不全或子宫内膜状态不佳等原因导致的。如果怀孕40天时进行B超检查，可能也无法在子宫内发现孕囊。生化妊娠的女性一般不会出现明显的不适症状，所以不需要进行特殊的治疗。建议女性多卧床休息，避免进行剧烈运动，同时加强营养的摄入，促进身体的恢复。
除了上述原因以外，还可能与先兆流产等原因有关。建议女性尽早到医院进行检查，明确具体的情况，以免影响身体的健康。
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