临床没有巧克力囊肿的说法，一般是指卵巢巧克力囊肿，可以通过药物治疗、手术治疗、辅助生殖技术等方式进行治疗。
1、药物治疗
卵巢巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的陈旧性积血囊肿。如果囊肿较小，患者没有出现明显的不适症状，可以在医生的指导下服用甲羟孕酮片、醋酸甲地孕酮片等药物进行治疗，可以抑制卵巢功能，使囊肿萎缩。
2、手术治疗
如果囊肿较大，而且药物治疗效果不佳，建议患者及时到正规医院通过手术切除囊肿的方式进行治疗，能够达到治疗的目的。手术后要注意多休息，保持伤口清洁卫生，短时间内避免沾水，以免出现感染的情况。
3、辅助生殖技术
如果通过上述方法治疗后，无法达到根治的目的，也可以通过体外受精胚胎移植进行治疗，能够使受精卵在子宫内正常着床发育，从而达到怀孕的目的。
除此之外，还要保持愉悦的心情，避免情绪过于激动，家属也要及时做好安抚，随时观察患者的症状，一旦出现不适症状，建议患者立即就诊。
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