孩子凌晨三点咳嗽可能是环境因素、饮食不当、上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等原因引起的，需要根据具体原因进行针对性治疗。
1.环境因素：如果在睡觉时室内空气比较干燥或者温度过高，可能会导致咽喉黏膜受到刺激，从而出现上述症状。建议患者可以适当增加饮水量，并且保持室内的温湿度适宜。
2.饮食不当：睡前食用过多辛辣刺激性的食物，比如辣椒、花椒等，会导致胃肠道负担加重，引起腹胀、腹痛等症状，同时还会伴有咳嗽的症状。建议家长及时调整孩子的饮食结构，避免让孩子吃辛辣刺激的食物，以免加重病情。
3.上呼吸道感染：由于身体抵抗力下降，容易受到细菌或病毒的侵袭，诱发上呼吸道感染，会出现鼻塞、流涕、打喷嚏以及发热等症状，随着病情的发展会侵犯到肺部，使局部组织发生炎症反应，因此就会造成上述情况。如果是病毒感染引起的，可以在医生指导下服用利巴韦林颗粒、磷酸奥司他韦颗粒等药物治疗；如果是细菌感染引起的，可遵医嘱口服阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等药物治疗。
4.支气管炎：通常是微生物感染、物理或者是化学性刺激等因素造成的，患病以后会导致患儿出现喘息、呼吸困难、胸闷等症状，当夜间平躺后会导致不适的情况更加严重。此时可以使用布地奈德雾化吸入混悬液、硫酸特布他林雾化吸入用溶液等药物治疗。
5.肺炎：是指发生在肺泡和肺间质的炎症，可能与病原体感染有关，也有可能是理化因素刺激造成的，典型症状有发热、寒战、咳痰以及食欲不振等，在临床上通常以抗生素类药物为主，如青霉素V钾片、盐酸左氧氟沙星胶囊等。
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