孕囊太小是否可以做人流，需要根据具体情况进行判断。孕囊太小可能是由于孕周小、染色体异常、免疫功能低下等原因导致。
1、孕周小
如果孕周小于七周，小于三个月，做人流产手术可能会导致漏吸，相当于没有刮宫，会增加手术的风险。如果孕囊在子宫腔小于三个月，可以在医生指导下口服米非司酮、米索前列醇等药物，将孕囊排出。一般在服用药物后，孕囊会在六到七天后排出。如果没有任何反应，可以在药物流产后七到十天进行复查。
2、染色体异常
如果孕囊比较小，但有染色体异常的情况，做人流手术不能保证孕囊完全排出，会增加人流手术的难度，也会对身体造成不良影响。此时可以通过药物流产，或者是人工流产的方式终止妊娠。患者可以在医生的指导下服用药物，如米非司酮、米索前列醇等。在药物流产后一周左右，需要到医院进行复查，明确子宫内膜的恢复情况。
3、免疫功能低下
母体自身免疫功能紊乱、自然杀伤细胞减少、血小板减少等情况，可能导致免疫功能低下，容易导致流产。此时不建议进行人流手术。患者可以在医生的指导下使用药物，如阿昔洛韦、更昔洛韦等。日常可以适当进行体育锻炼，如慢跑、瑜伽等，有利于增强体质。
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