停经四十天彩超查不出来怀孕，可能是怀孕时间比较短、宫外孕、生化妊娠等原因导致的，需要根据不同原因采取相应处理。
1、怀孕时间比较短
如果女性怀孕时间比较短，受精卵可能还没有着床，此时进行彩超检查，可能会出现无法查出怀孕的现象。建议女性在平时可以等待一段时间再进行检查，一般可以通过彩超检查来确诊。
2、宫外孕
如果受精卵在子宫以外的部位着床，比如输卵管等，此时进行彩超检查，不能发现孕囊，因此也无法查出怀孕。建议女性在怀孕40天时，可以去医院进行抽血检查，来判断血液中的人绒毛膜促性腺激素含量是否升高，这样也能够判断是否怀孕。如果确诊为宫外孕，患者可以遵医嘱进行手术治疗，比如输卵管切除术、保守性手术等。
3、生化妊娠
生化妊娠是指受精卵没有着床就发生了流产现象，此时体内的人绒毛膜促性腺激素还没有升高，或者是升高不明显，因此进行彩超检查时，也无法查出怀孕。一般情况下，生化妊娠不需要进行特殊治疗，平时多注意休息，一个月内禁止性生活。
除此之外，也可能是宫颈粘连等原因导致的，建议及时就医。
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