三个月宝宝晚上睡觉老是摇头蹬腿可能是生理因素、缺钙、湿疹等原因引起的，建议对因治疗。
1、生理因素
由于宝宝的神经系统发育不完善，在睡觉时容易出现不自主的动作，属于正常的生理现象，不需要特殊治疗。
2、缺钙
如果宝宝缺乏维生素D，可能会导致缺钙，会出现睡眠不安、摇头、多汗等症状。建议遵医嘱服用维生素D、葡萄糖酸钙口服溶液等药物缓解。
3、湿疹
如果宝宝头部或者身体出现湿疹，可能会导致瘙痒，因此会出现睡觉时摇头、蹬腿的现象。建议遵医嘱涂抹氢化可的松乳膏、卤米松乳膏等药物治疗。
除此之外，也可能是佝偻病、脑损伤等原因导致的，建议及时就医。
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