儿童出现疱疹性咽峡炎时，可以遵医嘱使用抗病毒药物、清热解毒中成药进行治疗。如果存在高热不退的情况，则需要应用非甾体类的解热镇痛药物进行缓解。
一、抗病毒药物
1.阿昔洛韦：对于单纯疱疹病毒感染引起的疱疹性咽峡炎有较好的疗效，常用于治疗上呼吸道及皮肤黏膜感染，如唇疱疹、口周疱疹、手足口病等疾病。
2.伐昔洛韦：属于鸟苷类似物，对水痘-带状疱疹病毒以及单纯疱疹病毒有效果，可用于治疗Ⅰ型和Ⅱ型单纯疱疹病毒感染导致的疱疹性咽峡炎。
二、清热解毒中成药
1.蒲地蓝消炎口服液：由黄芩、蒲公英、苦地丁、板蓝根组成，具有清热解毒的作用，可缓解因病毒或细菌入侵而引起咽部不适症状，比如咽干、咽痛、声音嘶哑等症状。
2.双黄连口服液：主要成分是金银花、黄芩、连翘，具有疏风解表、清热解毒的功效，主要用于外感风热所致的感冒，症见发热、咳嗽、咽痛者。
3.小儿牛黄散：主要成分包括人工牛黄、山羊角、雄黄、朱砂等中药材，具有清热解毒、化痰定惊的功效，适用于小儿急慢惊风、壮热神昏、抽搐疼痛以及疮疡肿毒、疥癣烫伤等情况。
三、解热镇痛药物
当儿童患有疱疹性咽峡炎时，由于炎症刺激可能会伴有体温升高至38.5℃以上的情况发生，此时可以在医生指导下服用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚片等药物进行降温处理。
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