小孩子五岁生殖器短小一般没有特别好的办法可以治疗，只能通过手术或者是激素治疗等方式进行改善。
1、手术治疗
如果是由于尿道下裂导致的，可以通过手术的方式进行治疗，比如阴茎弯曲矫正术、阴茎阴囊转位术等，能够使阴茎恢复到正常的状态。
2、激素治疗
如果是由于体内激素分泌不足导致的，可以在医生的指导下使用雄激素药物进行治疗，比如丙酸睾酮注射液、甲基睾酮片等，能够促进阴茎的发育。
3、康复训练
如果小孩子的年龄比较小，也可以通过康复训练的方式进行改善，比如蹲起运动、俯卧撑运动等，能够促进局部的血液循环，有利于改善症状。
4、饮食调理
在日常生活中，家长还要注意小孩子的饮食健康，可以多吃一些优质蛋白类的食物，比如鸡蛋、牛奶等，也可以多吃一些富含雌激素的食物，比如豆腐、豆浆等，从而为身体补充所需要的营养，也可以促进阴茎的生长。
5、改善生活习惯
小孩子的生殖器短小，可能是由于不良的生活习惯导致的，建议家长及时纠正小孩子的不良习惯，避免长时间的熬夜，也要避免频繁手淫，以免影响到阴茎的生长。
如果通过上述方法，小孩子生殖器短小的症状未得到改善，建议家长及时带小孩子到正规医院进行检查，并配合医生进行治疗。
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