发烧一般指发热，39度一般指39°C。三个月婴儿发热39°C是否严重，要根据具体情况综合考虑。
1、可能不严重
由于婴儿的身体免疫力比较低，如果室内温度比较高，并且家长没有及时开窗通风，可能会导致空气中的细菌、病毒等微生物进入呼吸道诱发感染。如果婴儿发热时，精神状态比较好，并未伴随其他不适症状，此时是不严重的。家长可以使用温毛巾擦拭婴儿的额头、腋窝、手心等部位进行降温，还要适当喝温水，能够促进新陈代谢，有利于病情的恢复。
2、可能比较严重
如果发热时，伴随哭闹、嗜睡、呼吸困难等情况，家长未引起足够的重视，可能会导致病情加重，严重时会出现惊厥、抽搐等现象，此时是比较严重的。建议患者及时使用温毛巾擦拭婴儿的额头、腋窝、手心等部位进行降温，必要时，也可以及时到正规医院，通过血常规检查，并积极配合医生服用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚颗粒等药物进行治疗。
在平时生活中，家长要注意室内空气流通，还要注意合理喂养，有利于婴儿的生长发育。
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