巧克力囊肿没有自愈的方法。
巧克力囊肿是由于卵巢异位子宫内膜的生长和月经周期的出血而导致的陈旧性血管囊肿。囊肿内容物通常呈褐色，厚如糊状，像巧克力一样，所以俗称卵巢巧克力囊肿。囊肿可以是单侧或双侧的。囊肿可逐渐增多，有时在月经前后或月经后破裂，很少变为恶性。本病虽为良性，但有浸润、破坏周围组织、转移和复发等恶性行为。巧克力囊肿的病因和发病机制尚未完全阐明，可能与月经血液回流、淋巴和静脉扩散、遗传等有关。月经状况、避孕措施和环境因素是该病的高危因素。痛经、月经异常等症状的患者应及时就医。医生通常通过妇科检查作出初步诊断。为了进一步明确诊断，需要进行腹腔镜、组织病理学和其他检查。患有巧克力囊肿需要根据囊肿的大小、CA125的数值和生育要求决定治疗方法。如果B超提示巧克力囊肿＜4cm，肿瘤标志物CA125稍微升高但不明显，没有任何症状，而且有生育要求，此时应尽快怀孕，妊娠期和哺乳期体内的雌激素较低，可给予卵巢休息，抑制巧克力囊肿生长甚至消失，但是恢复月经来潮后巧囊很易复发。如果巧囊≥4cm，合并痛经、不孕或发现巧克力囊肿时间很长、CA125突然间升高、影像学提示囊壁内有乳头，就需要及时手术治疗。
巧克力囊肿的患者要及时治疗原发病。及时发现并治疗先天性生殖道畸形、闭锁、狭窄和继发性宫颈粘连、阴道狭窄等，避免经血流出不畅。其次，尽量选择药物避孕。口服避孕药可降低本病的发生风险。因此对有家族史、容易带器妊娠者可选择药物避孕。
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