萎缩性胃炎疼痛可以通过一般处理、灭菌处理、加强黏膜营养、抑制胆汁反流、抑制胆汁反流，改善胃动力等方法进行治疗。
1、一般处理：尽量消除各种致病因素，养成良好的饮酒习惯，避免通过刺激饮食刺激胃粘膜，戒烟，避免饮酒。慢性萎缩性胃炎患者应戒烟、戒酒，避免服用阿司匹林、消炎镇痛药等损害胃粘膜的药物。避免规律饮食，避免吃咸辛辣食物，积极治疗慢性口咽感染，无论其原因如何。
2、灭菌处理：慢性萎缩性胃炎的特点是胃酸减少或不足，胃内细菌阳性率高，抗生素的应用可以改善慢性萎缩性胃炎的症状。对于幽门螺杆菌阳性的慢性萎缩性胃炎，应积极消除幽门螺杆菌。
3、加强黏膜营养：加强胃粘膜屏障和避免粘膜损伤对萎缩性胃炎的治疗尤为重要。长期服用维生素E可以提高机体免疫力，增强解毒酶活性，抑制癌细胞生长，防止细胞代谢异常，对粘膜保护起到积极作用。
4、抑制胆汁反流：幽门括约肌功能障碍或胃空肠造口术后，长期胆汁反流可破坏胃粘膜屏障，导致慢性浅表性胃炎，进而发展为慢性萎缩性胃炎。胃肠动力药物可用于加速胃排空，减少胆汁对胃粘膜的损伤，加强胃蠕动，协助胃和十二指肠运动。促进胃排空，防止胆汁反流，调节和恢复胃肠运动。
5、其他对症治疗：包括解痉、止吐、消化、抗焦虑、改善贫血等。对于贫血，若缺铁，应补充铁，大细胞贫血患者可以服用基于维生素B12或叶酸缺乏的补充剂。
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