生理性腹泻的治疗主要包括母亲饮食调整和治疗以及宝宝的治疗，生理性腹泻常见于6个月以内的宝宝，外观浮肿、湿疹、大便次数增多。
1、母亲饮食调整和治疗：
对于大便试验有明显脂肪球的宝宝或母亲饮食中脂肪、蛋白质含量高的患儿，适当减少蛋白质和脂类食物的摄入，增加母亲饮食中水果、蔬菜、纤维类食物的含量，对于母乳中前列腺素含量过高的母亲，可在医生指导下口服药物降低其含量。
2、宝宝的治疗：
调整宝宝喂养方式，减少食物摄入中的乳糖含量。腹泻明显好转后再逐渐开始喂母乳。喂无乳糖奶粉时间不宜过长或过短，以免影响宝宝营养素的摄入，造成生长发育迟缓。同时可以在医生的指导下给予适当的药物，肠道微生态疗法有利于恢复肠道正常菌群的生态平衡，抑制致病菌的入侵，控制腹泻，维持肠道的正常功能，增强肠道屏障功能。
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