先天性卵巢发育不全的危害有身材矮小，第二性征不发育，不孕不育，患者可以采用药物治疗来促进长高、刺激乳房和生殖器发育。
1、促进长高：
单独用雄激素促高，剂量小通常效果不明显，剂量大会导致副作用大，主要是男性化和糖耐量受损。雌激素的使用容易导致生长板早期愈合，从而限制骨骼生长，抑制生长潜力。
2、刺激乳房和生殖器发育：
雌激素可以有效的刺激乳房和生殖器发育，但是需要在医生的指导下长期使用，过早应用雌激素会促进骨骺早期愈合。通常在促进身高增长骨骺愈合后，再用雌激素来发育乳房和生殖器。患者在早期进行治疗后，可以促进发育，减轻对身体的影响。
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