毛孢子菌针对病因给予抗真菌药物治疗。
对于浅表感染，可使用一些抗真菌药物，如百分之六水杨酸、百分之十二苯甲酸、百分之三硫甲醛溶液，或使用含有酮康唑和二硫化硒的药物溶液清洗病变部位。在肾功能正常的情况下，两性霉素B加或不加氟胞嘧啶。氟胞嘧啶作为替代疗法或与两性霉素B联合治疗。刺激细胞因子可以增加中性粒细胞计数并减少皮质类固醇和免疫抑制剂的剂量。对于恢复良好的患者，尤其是心内膜炎和中枢神经系统受累的患者，应维持长期抗真菌治疗，口服氟康唑是一种简单的方法。虽然一些患者在停止抗真菌治疗后恢复并变得稳定，但一旦出现新的免疫抑制因素，应继续进行系统抗真菌治疗。
建议患者在日常生活中应当注意适当锻炼、避免体力劳动。控制饮食，保持良好心态。
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