手足口病的感染期因病原体不同而不同，一般从发病起可能会持续约2周。
导致手足口病的病毒主要包括肠病毒EV71和柯萨奇病毒A16。这两种病毒的潜伏期有所不同，潜伏期也具有传染性，导致手足口病的感染期有所不同。肠病毒EV71的潜伏期通常为2至7天。除发病时间外，感染期一般为9至15天。柯萨奇病毒A16型，潜伏期一般为1至3天，总感染期一般为8至13天。严重手足口病患者病毒载量高，清除慢，传染性可达到3周以上。此外，手足口病治愈后1至3个月内，可能会从粪便中检测到病毒。从理论上讲，具有传染性，但由于病毒载量低，传染性很弱，可以忽略不计。感染手足口病病毒后，隐性感染可占感染人口的百分之九十以上。隐性感染不会发生，但具有传染性。
平时要注意个人卫生清洁，避免去人多场所，注意室内通风，不喝生水，避免食用生冷的食物。
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