肠镜的疼痛程度不同，与是否进行无痛麻醉有关，与操作技术和方法有关。普通肠镜一般在操作后期会比较疼痛，无痛肠镜可无明显疼痛。
做肠镜检查会出现腹胀、腹痛等症状。肠镜检查一般在排便后进行。普通肠镜没有任何镇痛措施。前期因为肠道光滑平直，大部分患者感觉不到疼痛。但肠管转动时，触碰肠壁可引起肠绞痛，可耐受。检查后，疼痛可以减轻。结肠镜检查是将结肠镜经肛门插入回盲部，从黏膜侧观察结肠病变的方法。目前是诊断肠道黏膜病变的最佳选择，是发现肠道肿瘤和癌前病变最简单、最安全、最有效的方法。结肠镜检查属于有创性的操作，做肠镜的过程中：
1、为了使观察者更能清楚的看到肠道，会往结肠里面充气，充入二氧化碳让肠管扩张，肠管充气扩张的过程中，就会出现腹胀、腹痛。
2、肠道不是直的，是弧形拐弯的过程，在拐弯过弯道的时候，结肠镜通过比较困难，也会出现牵拉性的疼痛。
3、如果老年人有便秘的病史，或者是手术后肠道粘连，有这种情况的时候，也会增加结肠镜检查的痛苦程度，做肠镜检查可以选择无痛性的结肠镜检查。
当然，不是所有的肠镜检查都非常痛，每个人的痛阈值不一样，对疼痛的耐受程度不同。结肠镜的检查，对痛阈值高的人，不会觉得非常疼痛。
肠镜检查前三天，开始吃少渣的流质和半流质饮食。检查当天早上要服用甘露醇等导泻剂，在检查前一天晚上清洁肠道。此外，由于检查可能导致紧张和胃肠痉挛，需要使用镇静剂或解痉药。
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