抽取脑脊液后，一般分装在三个无菌试管中。第一管用于细菌培养，第二管用于化学分析和免疫学检查，第三管用于一般性状和显微镜检查。三管的顺序不要颠倒，因为标本采集难度大，所有检查测试都要注意安全。
临床脑脊液检查的目的是确定脑脊液中是否存在炎症，包括细菌性、病毒性和无菌性炎症。检查时通常采用腰椎穿刺抽取脑脊液。脑脊液异常的症状，脑脊液增多的患者可能会出现头痛、恶心、呕吐等症状。如果脑脊液减少，可能会出现头痛。一般来说，这种头痛是由颅内压低引起的。疼痛患者站立时可能会有摔倒的感觉。如果脑脊液中出现蛋白质，患者的四肢可能会出现麻木和无力。如果患者在开颅手术或脑外伤后持续发热，为了排除是否由颅内感染引起，通常会先进行腰椎穿刺，抽取脑脊液进行检测。当脑脊液检查显示患者有颅内炎症时，应尽快进行抗感染治疗，防止感染进一步扩散。正常脑脊液无色透明。如果脑脊液呈血性或粉红色，可用三管试验法鉴别。连续使用三个试管来采集脑脊液。如果前后管血色都一致，说明蛛网膜下腔出血。前后血管颜色逐渐变淡，可能是穿刺伤出血。如果血性脑脊液离心后变成无色，可能是新鲜出血或外伤。离心后呈黄色，表示陈旧性出血。脑脊液呈云雾状，通常是细菌感染引起细胞数量增多所致，见于化脓性脑膜炎。脑脊液常规检查包括一般性状检查、蛋白质定性、氯化物定量、微生物学检查、细胞学检查等。脑脊液常规检查是许多中枢神经系统疾病的诊断、治疗和疾病演变过程中不可缺少的监测项目，其采集方法有一定的难度。
脑脊液标本采集后会立即送检，放置过久会影响检验结果。比如细胞的变性破坏导致计数分类不规范，葡萄糖等一些化合物会降低分解含量，细菌的自溶会影响细菌的检出率。
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