小儿直肠给药的可能会感觉肠道不适、有便意，一般没有特别严重的副作用。
儿童直肠给药有许多优点，起效快，全身副作用少。目前，直肠用药在儿童中很常见。例如，当儿童发烧时，建议使用退热栓。如果一些儿童因发烧或癫痫而惊厥，有时会使用直肠保留灌肠。一般情况，儿童直肠给药的危害较小，大多数由医院医生签发，由护士执行。相对而言，手术正常、规范，副作用少。在少数情况下，可能会出现黏膜损伤和划痕。如果父母自己操作，因为不清楚解剖位置，操作方向，即喂食位置可能不准确，这可能会导致黏膜划伤。直肠用药是临床实践中常见的手术，具有许多优点，在临床实践中，水合氯醛和其他药物通常用于镇静。例如，当儿童需要接受CT、MRI和其他检查时，需要服用镇静剂。水合氯醛可以口服或直肠服用。然而，服用时，可能会有涩味，这使儿童无法接受，甚至可能会呕吐。由于水合氯醛是一种镇静剂，一天服用不应超过两次，因此，如果此时不能再次服用，可以考虑直肠给药，可以更好地控制剂量，更适合儿童。肠黏膜吸收药物迅速，不需要胃消化。因为胃酸可能对药物有一定影响，但直肠吸收面积有限，没有小肠大。因此，容易被直肠吸收的药物需要通过直肠给药。
直肠给药有相应的适应证和禁忌证。治疗前，需要严格评估适应症和禁忌症，只有符合适应证且无禁忌证的患者才能进行直肠给药。适用于口服药物治疗效果差、口服给药不方便的人群，以及需要直肠灌肠的顽固性便秘人群，肛门狭窄患者和肛门手术后吻合口患者不能给予直肠给药。
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