肛门疼痛主要是因为肛周湿疹或肛周炎症引起的，由于肛周汗液的刺激和潮湿，肛周清洁不及时。粪便的刺激引起肛周皮炎或湿疹，从而引起疼痛症状。痔疮是肛门周围最常见的良性疾病。当痔疮体积增大时，会因大便擦伤而引起痔疮表面的溃疡和炎症，从而出现疼痛和出血的症状。大便干、稠，排便时撕裂肛门周围的黏膜和皮肤，产生疼痛和出血。直肠息肉和直肠癌，当它们尺寸大时，由于它们表面的擦伤或溃疡而引起炎症，引起疼痛和出血的症状。可以在医生指导下应用马应龙痔疮膏等外用膏药，要注意肛周卫生，可以温水坐浴。如果是肛周脓肿和肛瘘建议给予手术治疗。
肛门部的疼痛是肛肠科很主要的症状，很多因素会引起肛门疼痛。就疼痛分类而言，有外伤、创伤引起的疼痛，有感染炎症引起的疼痛，有肌肉痉挛引起的疼痛。一般的疼痛分为三类，具体的疾病而言，最常见的疼痛是肛门裂，由于肛门狭窄引起的肛管的破裂而出现疼痛，这是最常见的。然后是肛周感染性疾病，比如肛瘘、肛周脓肿、肛窦炎也会引起疼痛。还有痔的一些水肿、发炎也引起疼痛。少见的有一些肿瘤也会引起疼痛，这是最主要的疼痛分类和原因。
应注意局部卫生，每天排便后用温水清洗，防止感染。平时要避免久坐、久蹲。饮食要清淡，多吃富含纤维素的蔬菜水果，保持大便通畅。避免辛辣刺激性食物，不要喝酒和吸烟。适当做一些有氧运动，促进胃肠蠕动。
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