头盖骨凹陷可能是生理问题或周围神经损伤等原因引起。
有些患者的生理结构发展极其如此，例如颞骨容易向内凹陷，这是正常的生理反应而不是病态。此外，肿瘤会侵蚀骨骼，并在相对较长的时间内形成颅骨凹陷。若是有骨折和骨裂，若不及时进行修复，可能会出现明显的骨凹陷问题。还可能有周围神经损伤或部分血管破裂导致肌肉萎缩或颅骨凹陷，不排除与缺钙有关，许多没有疾病的患者通常也会导致这种情况，应考虑缺钙尤其是儿童和老年患者。颅骨嗜酸性肉芽肿，对于年轻患者尤其是一些年轻女性患者，可形成颅骨嗜酸性肉芽肿，局部可形成凹陷。佝偻病是患者维生素D缺乏症，导致钙磷代谢异常和骨板骨化受阻，常导致方形颅骨畸形和颅骨凹陷。患者颅骨丢失后，颅骨缺乏肥大肌肉和纤维层的保护，导致局部缺损范围过大、皮瓣松动和颅骨凹陷。
有时颅骨受损出现凹面骨折，但凹面面积小凹面深度不是很深，深度只有0.5厘米。会逐渐进行自行修复，一段时间后凹骨会变平，尤其是婴儿更容易自行修复。若是没有恶心、头晕和呕吐的症状，可以保守治疗，可以使用活血化瘀、促进骨愈合的药物进行治疗。对于颅骨凹陷，若三维重建显示凹陷程度大于1厘米影响日常生活，产生明显的临床症状，需要积极手术治疗。因此建议改进CT、MRI等相关检查，共同明确病情，以便更好地判断和制定相关治疗方案。
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