胸腺瘤的预后与其病理类型和分期密切相关，A型和ab型预后较好，C型预后差。
同时也与是否合并重症肌无力、红细胞再生障碍性贫血、系统性红斑狼疮有关。胸腺瘤合并重症肌无力患者的远期疗效优于非重症肌无力患者，然而，肿瘤的侵袭程度和手术切除的完整性是影响预后的重要因素。目前，人们认为标准化手术后的1期胸腺瘤患者治愈率较高，5年生存率约为97，10年生存率约为95，复发率低于10。2期和3期胸腺肿瘤的5年生存率降至70，10年生存率仅为50，4期胸腺瘤的生存率很低，5年生存率约为40。胸腺瘤的严重程度主要取决于胸腺瘤的恶性程度，根据浸润程度、是否有伴发疾病和伴发疾病的严重程度，是否能完全切除。例如，轻度的重症肌无力是上眼睑和下唇，也就是说，眼睑不能抬起，严重的情况下，呼吸性肌无力会危及生命。一旦发现胸腺瘤，无论是良性还是恶性，都应该手术切除，手术是目前好的治疗方法。现在绝大多数胸腺瘤可以通过胸腔镜微创手术切除，良性和侵袭性强的胸腺瘤，即恶性胸腺瘤，通过手术可以获得良好的预后。
胸腺瘤患者应食用增强免疫力的食物，如高热量、高维生素和高蛋白食物，因为术后免疫力相对较低。食用这些食物后，有利于刀口愈合和患者病情的恢复。特别是食用蘑菇等真菌类食品，因为真菌类植物有利于提高人体免疫力，具有抗癌作用。进食后，有利于患者早日康复，胸腺瘤患者术后应多吃鸡肉、排骨、鸡蛋等食物。
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