通常情况下，艾灸椅存在副作用，包括烫伤、过敏以及消化不良等。
1、烫伤
由于艾灸椅是通过机器控制，无法做到根据每个患者的具体情况来调节温度，若使用艾灸椅设置温度过高，可导致局部被烫伤，严重时甚至会出现水疱、化脓等症状。对于烫伤的患者，首先需要自我检查，明确水疱的大小，如果水疱比较小，可以不用特殊处理，观察即可，但在观察期间，患者要避免受伤部位再次受到冷热刺激。但如果水疱比较大，患者就需要到正规医院让医生使用消毒的注射器，抽出水疱里面的液体。
2、过敏
因为艾灸椅中需要添加艾叶，若患者对艾叶存在过敏史，使用艾灸椅后也可出现过敏反应，主要表现为皮肤红肿、瘙痒以及喉头水肿等，极少数患者甚至还可出现过敏性休克的现象，严重时可危及生命。过敏患者首先要远离过敏原，然后可以在医生的指导下使用抗组胺药物进行治疗，例如苯海拉明、异丙嗪、扑尔敏等。
3、消化不良
如果患者长时期在艾灸椅上久坐，可导致胃肠道蠕动减慢，消化液分泌减少，引起消化不良的现象。对于消化不良的患者，早期可适当进行运动，有助于促进胃肠蠕动，若效果不佳，还可以适当食用一些助消化的食物，例如山楂、酸奶等。
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