精子畸形率99%可能是正常现象，也可能是由于不良的生活习惯、环境污染等原因导致的。
1、正常现象
正常情况下，精子的畸形率应小于96%，如果精子畸形率为99%，虽然比较高，但是没有其他异常症状，通常属于正常现象，一般不需要进行特殊治疗，但是患者要定期去医院进行检查。
2、不良的生活习惯
如果患者在日常生活中存在不良的生活习惯，比如经常吸烟、喝酒或者是经常食用辛辣刺激性的食物，都可能会导致精子畸形率增加。建议患者改善不良的生活习惯，尽量戒烟戒酒，饮食上多吃富含蛋白质和维生素的食物，比如鸡蛋、牛奶、瘦肉等。
3、环境污染
如果患者长期在环境污染的环境中工作或者生活，可能会导致精子畸形率增加。建议患者避免长时间待在污染严重的环境中，工作中要做好防护措施。
除此之外，也可能是由于染色体异常等原因导致的，建议患者去医院进行进一步检查，来具体确诊病情。
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