咳嗽伴杵状指发病原因有支气管软骨先天性发育不良、支气管和肺部反复感染、支气管阻塞。
1、由于支气管先天性发育不良，使其存在先天性的缺陷，导致肺部及其周围组织也因受累而无法进一步发育，从而引起支气管扩张，使患者出现咳嗽伴杵状指的情况。
2、流行性感冒、百日咳或严重的支气管感染和肺部感染等，都可使支气管的平滑肌纤维和弹性纤维受到损坏，大大降低支气管管壁内黏液纤毛的清除功能，导致支气管管壁的支撑作用也随之减弱。
3、如支气管肿瘤、支气管内瘢痕性狭窄或吸入异物等都可造成支气管官腔发生不同程度的狭窄或阻塞，使支气管远端引流不畅而引发感染，继而引起支气管扩张，导致出现咳嗽伴杵状指的情况。
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