常见原因有感染因素，常见于A组乙型溶血性链球菌感染，免疫因素如全身或局部免疫力降低时，病原体侵入体内或原有病原体大量繁殖则可致病、邻近器官的急性炎症如急性咽炎、鼻炎、口底炎症等蔓延而累及腭扁桃体等。
慢性扁桃体炎致病菌主要为溶血性链球菌B、葡萄球菌和肺炎双球菌。腺病毒也能引起这种疾病。细菌和病毒混合感染也很常见。当身体的抵抗力是由于寒冷、潮湿、过度工作、身体虚弱、过度吸烟和酗酒、有害气体刺激等原因时，细菌繁殖会加强，细菌会大量繁殖。也可能是麻疹和猩红热等急性传染病的先兆症状。在慢性扁桃体炎的基础上，急性扁桃体炎经常反复发生。慢性扁桃体炎当慢性扁桃体炎发生时，隐窝中的上皮细胞坏死脱落，细菌和炎性渗出物聚积在一起。隐窝会形成小溃疡和疤痕，排水不良，适合细菌生长和繁殖。因此，这种感染不容易消除。复发性急性扁桃体炎会降低身体抵抗力或治疗不彻底，更容易转变为慢性扁桃体炎。其发病机制尚不清楚，但近年来，从免疫学角度来看，认为自身免疫反应是诱发慢性扁桃体的重要机制。
扁桃体发炎患者需要注意适当休息，避免过度疲劳，保持足够的休息和睡眠时间，避免过度发声和辛辣刺激的饮食。当扁桃体急性炎症明显时，应注意及时使用抗生素。青霉素和头孢菌素类抗生素是首选。尽快控制和改善扁桃体炎症，避免扁桃体炎的延缓，导致扁桃体增生和肿胀，形成慢性炎症。
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