肉芽肿性肾盂肾炎可通过手术治疗及药物治疗。
肉芽肿性肾盂肾炎是一种少见的严重的慢性细菌性肾炎，可以产生弥漫性的肾实质破坏，一般仅有单侧肾脏受累，很少累及到双侧，特征就是肾实质损害，肉芽肿性的脓肿以及肾间有大量的含脂肪的巨噬细胞聚集，含脂肪的巨噬细胞聚积，含脂肪的巨噬细胞堆积，肉芽肿的产生主要与细菌感染以及巨噬细胞的溶解功能障碍有很大关系。产生的病因考虑跟细菌感染有关系，再就是尿路梗阻，免疫功能紊乱，脂肪代谢异常，可能会引发肉芽肿性肾盂肾炎。
具体如下，1、手术，临床多数患者患肾为弥漫性病变、肾组织广泛破坏、肾功能损伤，通常做患肾切除术，需要注意的是三期病人因肾周广泛粘连和纤维化，应该使用经过腹穿肾切除术的手术方式，为了分离患肾与处理肾壁，否则肾切除极其困难和危险。
2、药物，细菌感染引起的肉芽肿性肾炎，需要服用抗菌药物治疗。
肉芽肿性肾盂肾炎的患者，在饮食方面要避免高油、高盐食物，避免过于辛辣、刺激性食物的摄入，因为以上饮食可以助湿生热、影响脾胃功能，不利于感染恢复。同时，建议患者不要吸烟、饮酒，否则会影响病人免疫力。患者应该注意适当地休息，尽量进食一些清淡、好消化的食物。
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