儿童肺炎衣原体最典型的症状是咳嗽，这也是一种常见症状。
肺炎衣原体咳嗽主要为阵发性干咳。夜间咳嗽可能很严重。除了咳嗽，一些患者还会发烧，可能是高烧或低烧，其中大部分是低烧。一些患者可能有喘息或上呼吸道感染的症状，如流鼻涕、打喷嚏、鼻塞、眼分泌物增多、揉眼和喉咙痛。如果症状严重，重症肺炎衣原体肺炎可能有重症肺炎的症状，如呼吸急促、呼吸困难和呼吸速度明显加快。吸气时可见三个凹陷征象，胸骨上窝和肋间明显向内凹陷。严重的患者会有嘴唇干燥和嘴唇发青。如果出现呼吸困难、呼吸急促和精神状态不佳，则被认为是严重的肺炎衣原体肺炎，需要立即将孩子送往医院。可见肺炎衣原体感染症状明显，危害严重。一旦疾病发生，就需要进行有针对性地治疗。以上是儿童肺炎衣原体感染的症状。预防工作应在儿童发育阶段进行，观察肺部功能变化，警惕出现咳嗽、咳痰等不适症状。疑似症状出现后，治疗时间不应延误，只有对症治疗才能稳定儿童的病情。如果感染太严重，带孩子去医院住院。
患儿肺炎衣原体感染大部分患儿为轻症，而且发病常常很隐匿，临床上没有特异性的表现。呼吸系统最常见的症状就是咳嗽，一般病程1到2周之后上呼吸道感染的症状消失，然后咳嗽进行性地加重。咳嗽可以为干咳，可以出现有痰，如果未给予有效的治疗，咳嗽可以持续很长时间1到2个月或者是更长的时间。肺部可以有干湿性啰音或者哮鸣音。
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