颅内囊肿形成的主要原因是胚胎脑组织血液循环障碍引起的脑损伤，一些家族性发病与col4a2基因突变有关；同时创伤、感染和药物也是导致脑囊肿的原因。颅内囊肿形成的主要原因是胚胎脑组织血液循环障碍引起的脑损伤，而这种血液循环障碍的可能原因包括胚胎脑组织发育不良、脑出血或缺血、脑外伤、病原体感染、妊娠期用药不当等。
颅内囊肿的常见治疗方法有保守治疗和手术治疗，应定期随访或治疗脑囊肿，但无症状。对于症状严重或保守治疗效果差的患者可考虑手术治疗，如开颅开窗、囊肿腹腔分流术、神经内镜引导开窗等。每天都要注意养成良好健康的生活习惯，通过避免妊娠感染、腹部创伤和药物的不当使用，相应的脑囊肿的发生率可能会降低。建议合理饮食，摄入高纤维食物，新鲜蔬菜水果，营养均衡。建议戒烟戒酒，酒精会刺激多囊蛋白的活性，加速囊肿的生长。
颅内囊肿通常不会自己消失。颅内囊肿可分为先天性囊肿及后天由于某些疾病所造成的囊肿，对于先天性的囊肿，如常见的蛛网膜囊肿、松果体囊肿，这类囊肿生长很慢，也不会自己消失。而对于疾病所造成的囊肿，如果不去除原发性疾病，囊肿也大多不会自行消失。因此如果发现颅内有囊肿，应该及时到医院就诊，应该去看神经外科看是否需要手术处理还是需要继续观察。总之先天性的囊肿不用担心，即使很大也不会影响患者的症状，但是由于疾病所造成的囊肿，应该密切随访观察定期的复查磁共振或者头颅CT，观察囊肿的变化。
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