支原体感染咳嗽一般需要治疗10-14天才能好。如果是比较严重的支原体感染，治疗时间也会相对延长，具体时间因人而异。但是支原体是自限性疾病，如果迁延不愈需要考虑其他原因，如果属于轻症及时治疗后，一般恢复较快。发生支原体感染的情况以后，会导致肺部出现炎症扩散的情况，而且在这时也会导致胸腔积液发生一定的改变。如果在发生支原体感染后没有及时治疗，不仅会导致咳嗽的持续时间延长，而且会出现严重的胸闷以及憋喘、咳嗽现象。
支原体感染与患者对病原体或其代谢产物的过敏反应有关，致病性支原体具有一种特殊的尖端细胞器，这种细胞器通过某些蛋白质介导的与宿主细胞的相互作用。附着在呼吸道或泌尿生殖道的上皮细胞上，从而产生过氧化氢和超氧化物，损伤上皮细胞及其相关纤毛，大多数与支原体感染相关的临床疾病可归因于宿主对细胞入侵的免疫反应。
支原体感染大多数症状轻微预后良好，早期使用适当的抗生素可以减轻症状，缩短病程。呼吸道感染的主要选择包括大环内酯类、四环素类和氟喹诺酮类药物，但喹诺酮类药物通常在儿童中被禁用，莫西沙星是治疗生殖支原体感染的首选药物。肺炎支原体感染引起的肺炎可急性发作，可按照社区获得性肺炎的急性期对症治疗，如果咳嗽可以服用镇咳药或祛痰药。如果有感染迹象，可以在医生的指导下经验性地使用抗生素，生殖支原体感染一般不太严重。
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