婴儿肛门狭窄的症状主要是排便困难、排便费力、严重者可出现肠梗阻等表现。
临床方面观察要重点分辨清楚是肛门狭窄还是先天性肛门闭塞症，并且在肛隐窝前方是否出现漏口，如果出现漏口属于先天性肛门闭锁伴会阴漏，二者的发病机理不相同，临床表现类似。处理上述情况都需要采用手术方法治疗，都是行经会阴肛门成形手术，术后的一个重点是定期规则的扩肛，防止肛门术后出现疤痕狭窄。如果孩子确实存在肛门狭窄，最好带孩子养成良好的排便习惯，每天排便两次，避免粪便积压过多，造成孩子肛门处的痛苦。在严重的情况下，可能会发生肠梗阻。临床观察应重点区分是肛门狭窄还是先天性肛门闭锁合并肛隐窝前瘘，即先天性肛门闭锁合并会阴瘘。两者发病机制不同，临床表现相似。在治疗方面，可以进行选择性手术，即经会阴肛门成形术。术后重点是定期扩肛，防止肛门术后瘢痕狭窄。
儿童肛门狭窄的治疗主要是通过手术，即肛门成形术。孩子们需要做简单的后成型，术后护理更重要，包括术后肛门扩张。儿童手术切开缝合后的创伤较大，部分家长不重视肛门狭窄和肛门扩张，导致术后再次形成瘢痕狭窄，甚至比术前狭窄更为明显。因此，术后需要定期扩肛。如果不进行扩肛治疗，随后对肛门狭窄环和疤痕环进行后处理，可导致儿童肛门功能不良，表现为排便功能异常和射精异常。某些先天性肛门狭窄的程度相对较轻。只要持续扩肛治疗可以缓解病情，就不需要手术。然而，一些先天性肛门狭窄的程度非常严重。例如，肛门内只有一个小瘘管，这使婴儿很难排便，甚至无法排便，导致粪便肠梗阻。此时，需尽快进行手术治疗。可以制作人工肛门以尽快缓解梗阻症状，否则婴儿将面临生命危险。
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