肺部曲霉菌感染治疗的时间的长短，一般主要取决于患者的具体的病情。
一般针对于抗曲霉菌的药物的使用，比如抗真菌药选择伊曲康唑、酮康唑、灰黄霉素、两性霉素b以及氟康唑等，需要使用4到6周左右的时间。如果病情严重可能还要延长治疗周期，才能够控制炎症，对于出现有气道高反应状态的过敏反应，需要使用糖皮质激素。这个时候可能需要一年的用药时间，而且症状缓解不明显，还需要联合使用免疫抑制剂，也需要维持治疗一年左右的时间。
肺曲霉菌感染是一种侵袭性肺部真菌感染，由于曲霉菌感染对氟康唑没有影响，伏立康唑、伊曲康唑、卡泊芬净以及一些药物可以静脉或者口服使用，真菌感染治疗的主要特点是疗程长、数量充足和去除易感因素。如下所示：首先，疗程很长：疗程通常很长，许多肺曲霉菌感染患者需要静脉和口服治疗一个月或者更长时间。其次，用量充足：在用药过程中，要注意观察用药的不良反应，及时采取各种措施。最后，消除易感因素：在抗曲霉菌治疗的同时，应消除导致曲霉菌感染的易感因素，如各种抗生素的广泛使用，尤其是广谱抗生素的使用，这是条件致病菌引起感染的主要原因。因此在治疗肺曲霉菌感染时，应避免盲目使用各种广谱抗生素，增加患者的营养状况，提高患者的咳嗽和咳痰能力。只有做好以上几方面的工作，曲霉菌才能在全身药物治疗后得到很好地控制。
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