单磷酸阿糖腺苷的副作用是会出现注射部位的疼痛，偶尔可能出现神经肌肉疼痛、关节疼痛、血小板减少、白细胞减少或骨髓巨细胞增多等症状。
阿糖腺苷在正常剂量时副作用并不明显，如果出现上述副作用，需要立即停药观察，一般停药后即可自行恢复。超量使用时不良反应可明显增多，会出现食欲不振、头晕、耳鸣、全身乏力、恶心等症状，因此在用药期间应注意观察，有任何异常的表现应及时咨询医生或药师。单磷酸阿糖腺苷属于抗病毒药物，它可以与病毒的脱氧核糖核酸聚合酶结合，使其活性降低从而抑制了DNA合成。单磷酸阿糖腺苷进入细胞后，经过磷酸化生成阿糖腺苷二磷酸和阿糖腺苷三磷酸，抗病毒活性主要是由阿糖腺苷三磷酸引起，阿糖腺苷三磷酸与脱氧腺苷三磷酸竞争的结合到病毒身上，从而抑制了酶的活性及病毒DNA的合成，同时还能抑制病毒DNA末端脱氧核苷酰转移酶的活性，从而抑制了病毒DNA的继续合成。因此，单磷酸阿糖腺苷主要用于治疗疱疹病毒感染所致的口炎、巨细胞病毒感染等疾病。口炎是口腔粘膜的炎症，可波及颊粘膜、舌、齿龈、上腭等处。在小儿时期较多见，尤其是婴幼儿可单纯发病，也可继发于腹泻、营养不良、急性感染、久病体弱等全身性疾病时引起口炎的主要有细菌、病毒及真菌，炎症可发生扩散，影响进食，重症者可影响循环，导致身体衰弱。口炎发作时疼痛比较明显，可能未经治疗而自愈，也有反复发作，要想根治，要从增强身体素质，提高免疫力着手。
患者在日常生活中，可以适量多吃一些富含维生素C的蔬菜和水果，如西红柿、猕猴桃等，有助于提高机体抵抗力与免疫力。
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