试管婴儿囊胚成功率并不是绝对的，决定其囊胚成功率高低的关键因素在于囊胚的自然选择、囊胚的同步性。选出优质和同步能力强的囊胚，有助于试管婴儿处于较高的成功率。
1.囊胚的自然选择
临床上试管婴儿囊胚种植的选择标准，根据胚胎的细胞数及形态、以及碎片率的差异来衡量。然而这种人为设定的衡量是有局限性，囊胚移植在培养时间到达第5或第6日，甚至第7日，能够自然淘汰发育潜能有问题的胚胎，因为携带有异常的染色体和基因时，在继续培养至囊胚期的过程中可因自身发育异常被自然淘汰，只有潜能佳的胚胎才能发育至囊胚期。
2.囊胚的同步性
囊胚移植的优势，包括囊胚对酸度的适应能力较卵裂期胚胎好，而且移植囊胚的存活率更高；另一方面，囊胚因子宫收缩而被排出体外的风险比卵裂期胚胎要低。同时，由于囊胚培养使胚胎与子宫内膜的同步性更好，更符合生理状态，移植这些胚胎可以得到较高的种植率。随着胚胎体外培养体系不断优化，囊胚形成率明显提高，囊胚冷冻技术成熟，使得囊胚移植作为常规移植技术成为可能。
按疾病找