营养不良儿童水肿的主要原因可能是长期缺乏蛋白质摄入，或其他疾病引起的蛋白质吸收障碍和蛋白质丢失。
如果儿童营养不良，往往是由于能量和蛋白质摄入不足，长期能量和蛋白质摄入不足，尤其是蛋白质摄入不足。那么，身体中的其他器官或骨骼材料的合成就不够了，如果原材料不足，血液中的蛋白质就会被动员起来。经过合成后，血液中的蛋白质就会减少，当然，水中的蛋白质会减少。如果温度低，水分会渗入组织，组织中会有比较多的水分，在这种情况下表现为水肿状态。为什么儿童容易营养不良？因为第一个孩子的体积比较小，也就是说，自我调节范围比较窄，调节能力比较差。如果稍微小一点，在这种情况下就比较明显，所以这时他容易出现水肿的状态。
儿童营养不良水肿的主要原因是长期蛋白质摄入不足，或其他疾病引起的蛋白质吸收障碍和蛋白质丢失，导致儿童氮摄入不足和蛋白质代谢过度消耗。人体蛋白质合成减少，体内存在的蛋白质也会分解，导致血浆和肌肉蛋白质减少。
当血浆总蛋白降至40g/L以下，白蛋白降至20g/L以下时，血管中的胶体渗透压降低，导致液体从血管进入组织，导致水肿。
营养不良的患儿出现水肿，多与低蛋白血症以及一些特殊疾病有关，尤其是存在长期大量消耗，比如癌症、肾炎、发烧的患者。出现大量蛋白尿丢失，或者烧伤，烫伤，肌肤体表出现溃疡面渗出。使蛋白质丢失造成营养不良，进而就可能会导致水肿，另外胃肠消化道疾病、蛋白质分解太多等因素，也可造成营养不良性水肿。
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