麦芽酮糖醇的副作用是会增加糖尿病概率、引起腹泻、引起血压升高等。麦芽糖醇是一种经常作为糖替代品的糖醇，其副作用也需要因人而异，部分人摄入这种糖醇没有任何不良反应，但有部分人食用后可能因此而生病。
1、增加糖尿病概率
长期性咬合麦芽酮糖醇会增加本身出现糖尿病的概率，血糖升高与葡萄糖密切相关。蔗糖由果糖和葡萄糖组成，而麦芽酮糖醇由两种葡萄糖组成，因此麦芽酮糖醇可以较高的速率增加血糖。
2、引起腹泻
引起腹泻也是服用麦芽糖醇的主要危害，由于服用麦芽糖醇之后，麦芽糖醇在胃里不容易被消化和吸收，进到胃肠之后消化率较慢，部分在胃肠内壁囤积沉积，进一步影响胃肠道消化功能，容易出现渗透性腹泻。
3、引起血压升高
平常过多吃麦芽糖醇，会增加高血压与高血脂发生的可能性，还会增加心脑血管病的压力，不利于毛细血管中碳水化合物与人体脂肪的溶解和新陈代谢，能让毛细血管脆化凝滞，并且会让人体脂肪在毛细血管内壁过多沉积。比较严重时还可引起心肌梗死和静脉血栓。
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