和皮下注射相比，手臂肌肉注射更痛。因为皮下注射角度小，用药量小，一般是斜45度刺入皮下。而手臂注射注射角度则是90度刺入，用药量大，且皮下神经没有手臂肌肉群神经多，因此手臂肌肉注射敏感度更高，痛觉感应也会更明显。
皮下注射针头刺入角度不宜大于45度，以免刺入肌层，注射少于1ml的药液，必须用1ml注射器，以保证注入药液准确。皮下注射时针头越细损伤就相对较小，疼痛感也会相对减少，当药液浓度高时，注射带来的刺激更大疼痛感会更加明显。需长期反复皮下注射者，应有计划地更换部位，轮流注射，这样达到最大药量吸收效果，每个针眼距2.5cm。皮下注射是将小量药液注入皮下，如需迅速达到药效，不宜经口服给药时采用的注射方法，如胰岛素口服在胃肠道内易被消化酶破坏，失去作用，而皮下注射能够迅速被吸收。皮下主要为脂肪，血管网比较少，相对肌肉来说吸收速度较慢，所以皮下经常注射激素类药物，让其延缓吸收速度。
肌肉注射是将药液注入到肌肉层内，肌肉注射药物吸收快，常用的部位有上臂三角肌下缘以及臀大肌、臀小肌、臀中肌等，主要适用于：不宜或不能做静脉注射，要求比皮下注射更迅速发生疗效时，以及注射刺激性较强或药量较大的药物时所选择方法。肌肉注射时，可以缓慢推针，以减少药物刺激所带来的的痛感，或者热敷缓解肌肉的紧张感。绝大多数的抗生素治疗，以及抗病毒血清的治疗都会选取肌肉注射，因为肌肉里血供比较丰富，能够迅速将药物扩散到静脉里，到达病灶处。且注射部位适合于个体，2岁以下婴幼儿不宜选用臀大肌注射，应选用臀中肌、臀小肌注射。因幼儿在未能独自走路前，其臀部肌肉一般发育不好，臀大肌注射有损伤坐骨神经的危险。注射时一定要根据医嘱选择正确的注射方法，必须常规消毒，若需要长期肌注的病人，注射部位要经常更换，以防局部形成硬结，若出现硬结，则可采取热水袋或热敷、理疗等处理。
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