一般情况下，水蛭素不可以长期服用，虽然据有关研究表明，静脉注射水蛭素无明显毒副作用，对血压、心率、血象、出血时间以及血液化学成分均不受影响，对呼吸系统也没有较大的影响，且无过敏反应，但水蛭素有极强的抗凝作用，患者长期服用可能回导致患者血小板聚集功能下降，无法正常止血，严重时还容易造成出血性疾病，例如紫癜、血友病等。所以，建议患者在医生的指导下使用水蛭素，患者不要私自调整药物剂量以及用药时间，以免出现严重的副作用。很多的药物长期应用都会有用药风险，长期应用的前提是定期复查、复诊，如果患者长期用药但没有定期复查、复诊的长期，是极端不科学的，很容易出现不良反应。
水蛭素是水蛭及其唾液腺中提取出的一种成分，由65-66个氨基酸组成，不仅有极强的抗聚集作用，与其他抗凝药物相比，例如肝素等，肝素不能灭活结合于血栓上的凝血酶，而且会被激活的血小板所释放的血小板因子、糖蛋白等物质结合，从而影响抗聚集的作用，但水蛭素对正在循环中的凝血酶和结合于血栓上的凝血酶都有抑制的作用，且不受到血小板因子、糖蛋白等物质的影响，是迄今为止所发现最强的凝血酶天然特异抑制剂。
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