女性巧克力囊肿需要手术治疗，因为巧克力囊肿体积比较大，直径超过5厘米，会引起盆腔粘连，导致慢性盆腔痛，影响排便，导致便秘，影响排尿，导致尿频、尿急等症状。
卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称巧克力囊肿。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。可以采取腹腔镜微创手术，有特殊的仪器进入盆腔，将巧克力囊肿剥除，剥除的组织物需要做病理检查，明确诊断，根据病理的情况决定下一步治疗方案。腹腔镜微创手术对身体损害性小，恢复得快。
手术之后的一个月内需要多休息，适当的活动，一定不要剧烈的运动。饮食方面也需要加以注意，不要吃过于辛辣、刺激性、寒凉的食物，尤其不要饮酒，或者喝含有酒精的饮料。可以多吃一些富含有蛋白质的食物，有助于身体恢复健康。
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