怀孕后空囊妊娠主要原因，有可能是空囊本身染色体异常引起的，怀孕以后，染色体是遗传物质，如果染色体异常没有形成卵黄囊，有可能是染色体受外界激素影响，有可能受环境因素辐射病毒感染等。
由不能形成遗传物质，形成孕囊。同时如果卵巢功能异常，例如多囊卵巢综合征或者出现卵巢早衰情况。怀孕以后卵巢不能分泌激素类润滑孕囊发育，所以孕囊出现发育不良情况。还有可能是内分泌失调，也有可能引起孕囊发育异常。如果母体有免疫因素的分泌的情况，出现免疫因子来抑制孕囊发育，也有可能引起空囊，同时也有可能是血液系统的疾病，以及形成微血栓等来影响孕囊发育。
怀孕出现空囊建议最好及时做清宫处理，怀孕出现空囊提示胚胎已经停止发育，需要及时做手术把宫腔内的空囊清理，有的孕妇胚胎停止发育后，会出现阴道不规则出血，如果不及时清理空囊会出现持续性出血，有的甚至引起宫腔内感染，影响以后的生育。空囊清除手术后要注意休息，注意保暖，不要吃生冷、刺激性食物，一个月内禁止性生活，再次怀孕前最好去医院做全面的优生检查，尽量避免再次发生胚胎停止发育，怀孕空囊与胚胎存在染色体异常有关，特别是怀孕初期细胞分化对体内外致畸因素比较敏感，病毒感染或者电离辐射等容易导致胚胎发育异常。
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