生殖器疱疹的治疗方法主要是进行抗病毒治疗，如阿昔洛韦、泛昔洛韦等。
生殖器疱疹是一种很常见的性传播疾病，因为是病毒感染的疾病，通过口服阿昔洛韦、泛昔洛韦、伐昔洛韦等抗病毒的药，可以将疾病治好，不过这种疾病是短期治好，长期不容易，它在免疫力低下的时候很容易复发，一旦复发可以再用阿昔洛韦、泛昔洛韦、伐昔洛韦进行治疗，治疗过后它还是有可能过一段时间，在免疫力低下的时候复发。所以这个疾病的治疗大多数时候只是控制复发时候的症状，缩短病程，并不能够完全的断根，让病毒再也不复发，目前全世界都还没有找到完全彻底的治疗疱疹，让它再也不复发的办法，不过有一些治疗的方法正在研究，也取得了一定的进展，包括现在正在研究的疫苗，但是疫苗还在研究中，真正要用于临床，还需要比较长的时间。具体用药请结合临床，由医生的面诊指导为准。
在疱疹发病时，患者需要注意避免性生活，以免感染伴侣。由于避孕套只能保护阴茎的皮肤，阴囊或小阴唇等其他部位也可能感染疱疹病毒，所以不要冒险。在发病期间不要发生性行为，戴安全套也不是完全可以预防的。通常，应该注意好好休息，不熬夜，少吃辛辣刺激性食物，不喝酒，通过适度运动来减少疱疹复发，并服用一些调节免疫的药物，如胸腺肽肠溶胶囊。
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