蜂蜜通常以水冲泡后饮用较好。蜂蜜富含果糖、葡萄糖、维生素、微量元素、有机酸、核酸以及多种氨基酸，具有辅助清肠排毒、促进胃肠功能等保健作用。但高温会破坏其活性酶以及维生素C，因此建议使用40℃以下的温开水，或者是凉白开水冲泡蜂蜜饮用。
建议患者在空腹的情况下饮用，如在饭前一至一个半小时，或者是饭后两至三个小时，可辅助清肠排毒、促进胃肠功能正常。此外，胃酸过多患者、肥大性胃炎患者或十二指肠溃疡患者，建议在饭前一个半小时左右饮用蜂蜜水，可辅助抑制胃酸的分泌，减少对胃黏膜的刺激。神经衰弱者在睡前饮用蜂蜜水可起一定的辅助安神益智、改善睡眠的功效。
因为蜂蜜水中含有大量的葡萄糖等单糖，这些单糖相对于其他糖分而言较不易转化成脂肪，但若频繁地过量饮用蜂蜜水也可因单糖摄入过量而导致肥胖，严重时甚至可能因过度肥胖而诱发糖尿病等代谢问题。因此，应适量饮用蜂蜜水。
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