如果患者存在扁桃体发炎吞口水都疼的情况，通常建议患者在医生的指导下服用药物进行治疗。
治疗扁桃体发炎的常用药物为抗生素，包括阿莫西林、氨苄西林等。阿莫西林是一种最常用的半合成青霉素类广谱β-内酰胺类抗生素，常用于治疗溶血链球菌、肺炎链球菌、葡萄球菌导致的中耳炎、鼻窦炎以及扁桃体炎等上呼吸道炎症，但有哮喘、枯草热等过敏性疾病史者需慎用此药，而老年人应在医生的指导下服用此药。而氨苄西林又称氨苄青霉素，是一种β-内酰胺类抗生素，适应症包含呼吸道感染、泌尿道感染、脑膜炎等，可经由口服、肌肉注射以及静脉注射给药。需要注意的是，以上药物都是青霉素类药物，若患者存在青霉素过敏史，可选用头孢菌素或红霉素进行治疗。另外，若患者药物治疗2到3天后，病情无好转或者是出现高热不退的症状，患者应改用其他种类的敏感抗生素进行治疗。
扁桃体发炎患者在治疗期间，要清淡饮食，宜进食小米粥、南瓜粥等细腻柔软的食物，少吃生冷、辛辣、较硬的食物，以免加剧疼痛。日常可以多喝温热的水，以缓解咽喉不适。咽痛比较剧烈或者有高热症状时，患者可口服解热镇痛药物，例如布洛芬、对乙酰氨基酚等。对于咽喉水肿严重，影响呼吸和进食时，可以酌情使用糖皮质激素，有利于控制感染和减轻水肿。
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