三个月宝宝咳嗽有痰需根据病因进行治疗，常见的病因有急性扁桃体炎、急性咽炎、呼吸道感染等。建议宝宝到医院查明病因后对症治疗。
1、急性扁桃体炎，急性扁桃体炎是腭扁桃体的一种急性非特异性炎症，可能伴有咽黏膜和淋巴组织炎症。
临床上主要表现为反复发烧、疼痛、咳嗽或者是嗓子有痰等症状。宝宝可以使用药物进行治疗，例如青霉素等，如果宝宝发热，且体温超过39℃时，应给宝宝服用适量的退热药，比如布洛芬混悬液等。
2、急性咽炎，是人体咽部黏膜及周围组织发生的急性炎症，初始时咽部干燥、发痒、嗓子有痰，还会出现咽喉明显疼痛。
如果症状较轻，宝宝可以使用抗生素进行治疗，例如阿莫西林等，若宝宝症状严重需要静脉滴注抗生素类药物进行治疗，例如罗红霉素、阿莫西林等。
3、呼吸道感染，是鼻腔、咽喉、气管、支气管和肺部感染的统称，临床上主要症状有鼻塞、发烧、咳嗽或者流鼻涕等，宝宝可以使用药物进行治疗，例如小儿氨酚黄那敏颗粒、复方锌布颗粒等，能够缓解症状。
建议家中放置加湿器，保持空气湿润，多给宝宝喂水，这样可以有效的湿润咽喉，稀释痰液，更容易把痰咳出来，可有效减缓宝宝不适症状。另外，日常需要注意监测宝宝的症状有无加重，如果咳嗽症状加重，需及时到医院进行就诊。
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