乔本氏甲状腺炎主要是根据甲状腺功能状态和甲状腺肿的程度进行治疗。
对没有明显临床症状、促甲状腺素水平正常，而且甲状腺肿不显著的患者，不需要药物治疗，可随诊观察，对于有局部压迫症状，影响美观的患者，可给予左旋甲状腺素治疗，如果患者已有促甲状腺素水平升高、临床有症状表现的患者，需要给予甲状腺激素的替代治疗。对于表现为甲状腺功能亢进的患者，合并格瑞斯病时，可以给予β受体阻断剂治疗，必要时可给予抗甲状腺药物治疗。对于桥本氏甲状腺炎患者，一般不采取手术治疗，但如果甲状腺肿大明显影响到美观，而且有压迫症状，怀疑有甲状腺癌的患者，可考虑手术治疗。
乔本氏甲状腺炎患者早期会有一过性甲亢症状，这时要限碘饮食，不吃碘盐、海带、紫菜等一些海产品，也不可以吃含碘的药物。在甲低时期要低碘饮食，防止高碘饮食后甲状腺激素合成增多，产生过多攻击性免疫细胞使甲状腺损伤加重。另外，还要注意休息，改掉喝酒吸烟熬夜等一些不良习惯，定期复查甲功和甲状腺彩超，防止发生恶变。
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